经学校研究决定，收回由北大资源集团管理的万柳学生公寓，房屋产权过户到学校名下，资源集团配合学校房地产管理部、财务部尽快办理完成相关产权过户登记手续。根据学校的决定，房地产管理部与财务部密切配合，多次到海淀国土分局、区建委、区地税局等有关部门咨询办理产权变更事项，并积极准备和提交有关文件资料。2008年10月，协助财务部办理了《契税核定通知书》，万柳公寓产权过户免交契税。按照有关要求，办理万柳公寓产权过户还需要上级主管部门教育部的批复。11月上旬，房地产管理部将有关文件资料上报到教育部报批。教育部发展规划司对万柳公寓产权过户事项提出了一些问题和意见。11月21日，姜晓刚副部长、杨晶与财务部闫敏部长、邵莉副部长向鞠传进副校长汇报了万柳公寓产权过户办理情况以及遇到的困难。11月25日，鞠传进副校长亲自出面，姜晓刚副部长、杨晶与财务部闫敏部长陪同，向教育部发展规划司汇报了北京大学办理万柳大学生公寓产权过户事项的背景和有关过程，商请教育部给予支持。 12月，房地产管理部重新将万柳大学生公寓有关文件资料上报到教育部。发展规划司提出，万柳大学生公寓项目建设和后期学校购买的全过程都是由北京市政府和有关部门批准的，教育部没有参与，因而需要详细了解万柳大学生公寓项目建设情况、房屋土地情况、购买、回购原因、资金支付以及产权证变更等整个过程。根据教育部的要求，房地产管理部与财务部、党委办公室、校长办公室密切配合，多次进行补充汇报，并按照所列清单提供了万柳大学生公寓项目的有关文件资料。目前，教育部发展规划司正在进一步研究和办理中。